当科および研修・関連施設では以下のような学会・研究会・研修会を主催したり運営に関わっています。

• 滋賀脳神経外科症例検討会（年3回）（1987年～）
  滋賀県及び周辺地域の参加施設から検討症例を提示していただき治療方針などを検討し情報共有している
• 滋賀神経疾患研究会（年1回）（1995年～）
  滋賀県内の脳神経外科・脳神経内科の医師が神経疾患につき症例検討、特別講演などを通して情報共有している
• 京滋脳神経血管内治療懇話会（年2回）（1998年～）
  滋賀県および京都府の脳血管内治療医が集まり症例検討、特別講演などで新規情報を学習している
• 滋賀脳神経外科セミナー（年2回）
  全国から脳神経外科領域のエキスパートを講師にお招きし、先端医療を学ぶとともに交流を深めている。
• 近畿脳腫瘍病理検討会（年2回）（1983年〜）
  1983年に大阪神経病理検討会の名でスタート、1992年に近畿脳腫瘍病理検討会に名称変更。近畿地区の脳神経外科医、病理医が参加し、診断困難症例を提示、検討している。
• Bay-Lake IVR Workshop（年2回）（2010年～）
  滋賀医科大学、大阪市立大学、和歌山県立医科大学関連の脳血管内治療医が集い脳血管内治療に関する症例検討を行っている
• 悪性神経膠腫治療カンファレンス（年1回）（2019年～2021年　現在再開に向けて調整中）
  滋賀医科大学、京都府立医科大学、奈良医科大学が合同で悪性神経膠腫の治療につき症例検討を行っている
• 京滋脳神経外科ハンズオンセミナー（年1回）（2009年～）
  滋賀医科大学および京都府立医科大学の医師が共同して学生及び研修医を対象として脳神経外科の各種手術手技について講習会を行っている
• 滋賀てんかん懇話会（年1回）（2018年～）
  滋賀県内のてんかん医療従事者及びその他の医療従事者が参加できる定期的な勉強会や学術講演会等を開催
• 京滋奈良てんかん懇話会（年1回）（滋賀医科大学脳神経外科の世話人しての参加は2022年～）
  京都、滋賀、奈良のてんかん医療従事者及びその他の医療従事者が参加できる定期的な勉強会や学術講演会等を開催
• KANSAI Epilepsy Surgery Conference（KESC）（年2回）（滋賀医科大学脳神経外科の世話人しての参加は2019年～）
  関西のてんかん外科に従事する脳神経外科医が参加しててんかん外科のミニレクチャー及び症例検討会を開催